El estudio y producción académica de las bellas artes en México comenzó desde la época colonial, cuando Jerónimo Antonio Gil, Tallador Mayor de la Real Casa de Moneda, fundó la primera escuela de grabado en hueco, que después se convirtió en la Academia de las Tres Nobles Artes de San Carlos, donde se impartía pintura, escultura y arquitectura. Esta abrió sus puertas en 1781, y fue hasta 1783 cuando Carlos III, Rey de España, expide la Cédula Real para su creación formal, dándole vida de este modo a la primera institución de arte en América. El 4 de noviembre de 1785 se inauguran oficialmente sus cursos, abriendo sus puertas en el edificio de la Real Casa de Moneda. En 1791 es  trasladada a su ubicación actual: el edificio que hasta ese momento había funcionado como el Hospital del Amor de Dios, ubicado en las calles de Academia y Moneda en el Centro Histórico de la Ciudad de México.

En 1910 la Universidad Nacional de México se integró dentro de la enseñanza superior, como la Escuela Nacional de Bellas Artes. En 1929 se divide entre la Escuela Nacional de Arquitectura y la Escuela Central de Artes Plásticas, como consecuencia de la obtención de la autonomía de la Universidad, de la que hizo parte una huelga de alumnos encabezada por el Dr. Atl, cuyo proyecto se basaba en la crítica al modelo de educación ortodoxa que ahí se impartía. Esto produjo, en buena medida, el espacio idóneo para el desarrollo de un movimiento de arte mexicano alejado de las tendencias europeas, dominantes aún para la época. Diego Rivera fungió como el primer director en esta etapa renovada. 

Durante la década de los setenta se crearon las carreras de Diseño Gráfico y la de Comunicación Gráfica, las cuales se mantuvieron en la Academia de San Carlos hasta 1979, cuando la ENAP se trasladó a sus nuevas instalaciones en Xochimilco, propiciado por el rector Guillermo Soberón, y posterior a los acontecimientos políticos del 68 y 71 en los que la Universidad tuvo una ferviente participación estudiantil. También se creó el departamento de posgrado, específicamente la Maestría en Artes Visuales.

A partir del 2009 el Programa inició una nueva fase que permitió integrar nuevas entidades académicas como el Centro Universitario de Estudios Cinematográficos (CUEC), la Facultad de Arquitectura y el Instituto de Investigaciones Estéticas. En el 2014, el Consejo Universitario aprueba la transformación de la Escuela Nacional de Artes Plásticas (ENAP), en la Facultad de Artes y Diseño (FAD).

La Facultad de Artes y Diseño es poseedora de un reconocido prestigio a nivel nacional e internacional, de la que han formado parte destacados maestros que durante su historia se han convertido en pilares de la institución; precursores como el mencionado Diego Rivera, David Alfaro Siqueiros, José María Velasco, entre muchos otros.